1.辦公室。負責本局綜合協調、計劃財務、人事與氣象科技服務管理工作；負責本行政區域氣象法治建設、法規管理與行政執法工作；負責黨建與精神文明建設、氣象文化建設、紀檢監察工作；承擔本局目標管理與督查督辦、應急管理、安全生產、政務信息、文秘、宣傳、信訪、保密、固定資產、檔案管理、政務中心窗口值守等工作。

2.防災減災科。負責組織擬訂和督促實施氣象災害防御規劃，組織管理氣象災害監測、聯防、預警和評估；負責氣象災害防御與應急氣象服務管理工作；負責“兩個體系”的建設與運行管理；負責氣象監測、預報預警、氣候資源開發利用、氣象信息傳播等業務與服務管理工作；負責氣象保障組織管理工作；負責人工影響天氣和防雷減災管理工作。

3.氣象臺。負責觀測、預報以及歷年數據收集統計，組織開展氣象服務、氣象法律法規宣傳等工作，為氣象防災減災工作提供技術支持。

鹽邊縣氣象局機構規格為正科級。根據上述職責，鹽邊縣氣象局設置內設機構3個，氣象臺為副科級，其余均為正股級。